แต่เดิมนั้นบริเวณที่ตั้งเมืองแม่ฮ่องสอนปัจจุบันนี้ เป็นเพียงสถานที่ที่มีผู้คนมาปลูกกระท่อมอาศัยอยู่ บริเวณที่ราบริมเชิงเขา เป็นทำเลที่เหมาะสำหรับการเพาะปลูกมาก ผู้คนที่อาศัยตามที่ราบมักจะเป็นชาวไทใหญ่ ส่วนผู้คนที่อาศัยอยู่บนดอยมักจะเป็นกะเหรี่ยง ลัวะ และมูเซอ บริเวณนี้อยู่ห่างจากแม่น้ำคง (แม่น้ำสาละวิน) ประมาณ 40 กิโลเมตร และมีอาณาเขตติดกับรัฐฉาน ประเทศพม่า ต่อมาเมื่อประมาณ พ.ศ. 2374 สมัยเจ้าหลวงพุทธวงศ์ เป็นพระเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ และต้องการช้างป่าไว้ใช้งาน จึงให้เจ้าแก้วเมืองมา ซึ่งเป็นญาติพร้อมด้วยกำลังช้างต่อหมอควาญออกเดินทางไปสำรวจและไล่จับช้างป่ามาฝึกใช้งาน เจ้าแก้วเมืองมาจึงยกกระบวนเดินทางรอนแรมจากเชียงใหม่ผ่านไปทางเมืองปาย ใช้เวลาหลายคืนจนบรรลุถึงป่าแห่งหนึ่ง ทางทิศใต้ริมฝั่งแม่น้ำปาย เป็นป่าดงว่างเปล่าและเป็นดินโป่งที่มีหมูป่าลงมากินโป่งชุกชุม เจ้าแก้วเมืองมาพิจารณาเห็นว่า ที่แถวนี้เป็นทำเลที่ดี น้ำท่าบริบูรณ์สมควรที่จะตั้งเป็นหมู่บ้าน จึงหยุดพักอยู่ ณ ที่นี้ และเรียกผู้คนที่ตั้งบ้านเรือนอยู่ริมห้วย ริมเขาซึ่งเป็นชาวไทใหญ่ และกะเหรี่ยง (ยางแดง) มาประชุม ชี้แจงให้ทราบถึงความคิดที่จะตั้งบริเวณนี้ขึ้นเป็นหมู่บ้าน และบุกเบิกที่ดินที่เป็นไร่นาที่ทำมาหากินต่อไป และเจ้าแก้วเมืองมาแต่งตั้งให้ชาวไทใหญ่ผู้หนึ่งซึ่งเป็นคนเฉลียวฉลาดและมีความรู้ดีกว่าคนอื่นในหมู่บ้าน ชื่อว่า “ พะกาหม่อง ” ให้เป็น “ ก๊าง ” ( คือตำแหน่งนายบ้านหรือผู้ใหญ่บ้าน) มีหน้าที่คอยควบคุมดูแล และให้คำแนะนำพวกลูกบ้านใน การดำเนินการต่อไป พะกาหม่องได้เป็นผู้ชักชวนเกลี้ยกล่อมพวกที่อยู่ใกล้เคียง ให้ย้ายมาอยู่รวมกัน แล้วตั้งชื่อหมู่บ้านนั้นว่า “บ้านโป่งหมู” โดยถือเอาว่าที่โป่งนั้น มีหมูป่าลงมากินโป่งมากนั่นเอง ปัจจุบันหมู่บ้านนี้ เรียกว่า “บ้านปางหมู” อยู่ห่างจากที่ว่าการอำเภอประมาณ 6 กิโลเมตร (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 254 8 : 48-4 9)
เมื่อจัดตั้งหมู่บ้านแล้ว เจ้าแก้วเมืองมาก็ยกขบวนออกเดินทางตรวจชายแดน และคล้องช้างป่าต่อไป จนถึงลำห้วยแห่งหนึ่ง มีรอยช้างป่าอยู่มากมาย ก็หยุดคล้องช้างป่าได้หลายเชือก แล้วให้ตั้งคอกสอนช้างในร่องห้วย ริมห้วยนั้นเป็นพื้นที่ราบกว้างขวางพื้นดินดีกว่าบ้านโป่งหมูและมีชาวไทใหญ่ตั้งกระท่อมอยู่เป็นอันมาก เจ้าแก้วเมืองมาพิจารณาเห็นว่า เป็นทำเลที่เหมาะสมพอที่จะตั้งเป็นหมู่บ้านอีกแห่งหนึ่ง จึงเรียกชาวไทใหญ่อีกคนหนึ่งซึ่งเป็นบุตรเขยของพะกาหม่อง ชื่อ “ แสนโกม ” มาแนะนำชี้แจงแต่งตั้งให้เป็นก๊าง ให้เป็นหัวหน้าเกลี้ยกล่อมผู้คนให้มาอยู่รวมกัน จนกลายเป็นหมู่บ้านใหญ่ เจ้าแก้วเมืองมาตั้งชื่อหมู่บ้านนั้นว่า “ บ้านแม่ร่องสอน ” ตอนหลังได้เพี้ยนมาเป็น “บ้านแม่ฮ่องสอน” โดยอาศัยที่ร่องน้ำนั้น เป็นคอกที่ฝึกสอนช้างป่า เมื่อเจ้าแก้วเมืองมาคล้องช้างป่าได้พอสมควรแล้วก็เดินทางกลับเมืองเชียงใหม่ แล้วกราบทูลให้พระเจ้ามโหตรประเทศฯ ทราบ (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 254 8 :4 9)
เมื่อเจ้าแก้วเมืองมากลับนครเชียงใหม่แล้วพะกาหม่องและแสนโกมบุตรเขยก็ได้พยายามชักชวนผู้คนที่อยู่ใกล้เคียง ให้อพยพครอบครัวมาตั้งบ้านเรือนอยู่ทำมาหากินจนแน่นหนาขึ้นเป็นหมู่บ้านใหญ่ และต่อมาเห็นว่าบริเวณนั้นมีไม้สักมาก พะกาหม่องและแสนโกม เห็นว่าหากตัดเอาไม้สักนั้นไปขายประเทศพม่าโดยใช้วิธีชักลากลงลำห้วย แล้วปล่อยให้ไหลลงแม่น้ำคง(แม่น้ำสาละวิน) ก็คงได้เงินมาช่วยในด้านเศรษฐกิจและการบำรุงบ้านเมือง เมื่อปรึกษาหารือกันดีแล้วพะกาหม่องและแสนโกม จึงเดินทางเข้ามาเฝ้าพระเจ้ามโหตรประเทศฯ ที่นครเชียงใหม่ กราบทูลขออนุญาตตัดฟันชักลากไม้ไปขายแล้วจะแบ่งเงินค่าตอบแทนถวายตลอดปี พระเจ้ามโหตรประเทศฯก็ทรงอนุญาต พะกาหม่องและแสนโกม จึงทูลลากลับ และเริ่มลงมือทำไม้ขอนสักส่งไปขายที่เมืองมะละแหม่ง ประเทศพม่าได้เงินมาก็เก็บแบ่งถวายพระเจ้ามโหตรประเทศทุกปี นอกนั้นก็ใช้ประโยชน์ส่วนตัวและบำรุงบ้านเมือง (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 254 8 :4 9)
ครั้นถึงพ.ศ.2397 พระเจ้ามโหตรประเทศฯถึงแก่พิลาลัย เจ้ากาวิโลรสซึ่งดำรงตำแหน่งเจ้าหัวเมืองแก้วได้เป็นเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่แทน ทรงนามว่า “ พระเจ้ากาวิโลรสสุริยวงศ์ ” ใน พ.ศ.2399 พะกาหม่อง และแสนโกม ก็ยังคงทำป่าไม้และส่งเงินไปถวายทุกปี พะกาหม่องกับแสนโกมจึงมีฐานะดีขึ้น และหมู่บ้านโป่งหมูและบ้านแม่ฮ่องสอนก็เจริญขึ้นตามลำดับ ในครั้งนั้นหัวเมืองไทใหญ่ตามแถบตะวันตกฝั่งแม่น้ำคง(แม่น้ำสาละวิน) เกิดการจลาจลเกิดรบราฆ่าฟัน จึงมีชาวไทใหญ่อพยพครอบครัวเข้ามาอาศัยอยู่ที่บ้านปางหมูหรือโป่งหมู และบ้านแม่ฮ่องสอนมากขึ้น บางพวกก็ลงไปอาศัยอยู่ที่บ้านขุนยวม (หมู่บ้านไทใหญ่บนเขา) บางพวกอพยพเลยขึ้นไปทางเหนือ ไปอยู่ที่เมืองปาย กลุ่มพวกไทใหญ่ที่อพยพเข้ามานี้ มีผู้หนึ่งชื่อว่า “ ชานกะเล ” เป็นชาวเมืองจ๋ามกา เป็นคนขยันขันแข็งชานกะเลเข้ามาอาศัยที่บ้านปางหมู และช่วยพะกาหม่องทำไม้ด้วยความซื่อสัตย์ และตั้งใจทำงานโดยไม่เห็นแก่เหนื่อยยาก พะกาหม่องไว้วางใจและรักใคร่มาก ถึงกับยกลูกสาวชื่อนาง ใส ให้เป็นภรรยา นางใส มีบุตรกับชานกะเลคนหนึ่งชื่อนางคำ (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 254 8 : 49-50)
กาลเวลาผ่านไปหมู่บ้านปางหมู และบ้านแม่ฮ่องสอนก็มีผู้คนมาอาศัยหนาแน่นยิ่งขึ้น และในปี พ.ศ.2409 นั่นเอง มีเหตุการณ์สำคัญที่ชักนำเอาบุคคลสำคัญของชาวไทใหญ่ให้มาอพยพอยู่ในแม่ฮ่องสอนอีกคือเจ้าฟ้าเมืองนายมีเรื่องขัดเคืองกับ เจ้าฟ้าโกหล่านเจ้าเมืองหมอกใหม่ จึงได้ยกทัพมาตีเมืองหมอกใหม่แตก เจ้าฟ้าโกหล่านเจ้าเมืองหมอกใหม่จึงพาครอบครัวอพยพเข้ามาอาศัยอยู่กับแสนโกมที่บ้านแม่ฮ่องสอน เจ้าฟ้าโกหล่านมีภรรยาชื่อ นาง เกี๋ยง มีบุตรชายชื่อ เจ้าขุนหลวง มีหลาน 4 คนเป็นชาย 1 หญิง 3 ชายชื่อ ขุนแจหญิงชื่อ เจ้าหอม เจ้านางนุ เจ้านางเมี้ยะ เมื่อเจ้าฟ้าโกหล่านมาอาศัยอยู่ด้วย แสนโกมได้มีหนังสือทูลให้พระเจ้ากาวิโลรสฯ ทราบพระเจ้ากาวิโลรสฯ จึงรับสั่งให้ส่งตัวเข้าเฝ้า แต่เจ้าฟ้าโกหล่านป่วย จึงส่งเจ้าขุนหลวงบุตรไปแทน พระเจ้ากาวิโลรส ทรงโปรดเจ้าขุนหลวงทรงยกเจ้าอุบลวรรณาผู้เป็นหลานให้เป็นภรรยาอยู่กินด้วยกันที่เชียงใหม่ จนมีบุตรคนหนึ่งชื่อ เจ้าน้อยสุขเกษมและอนุญาตให้เจ้าฟ้าโกหล่านอาศัยอยู่ในเขตแดนต่อไป ต่อมานางใส ภรรยาของชานกะเลถึงแก่กรรม เจ้าฟ้าโกหล่านจึงทรงยกเจ้านางเมี๊ยะหลานสาวคนเล็กให้เป็นภรรยาของชานกะเล ชานกะเลได้ไปตั้งเมืองอยู่บนภูเขาอีกแห่งหนึ่งทางเหนือต้นแม่น้ำยวม เรียกว่า เมืองขุนยวม ต่อมาในปี พ.ศ. 2417 พระเจ้าอินทวิชยานนท์ฯ ทรงแต่งตั้งให้ ชานกะเลเป็น “ พญาสิงหนาทราชา ” เป็นพ่อเมืองคนแรก และยกฐานะหมู่บ้านแม่ฮ่องสอนขึ้นเป็นเมืองแม่ฮ่องสอน เป็นเมืองหน้าด่านต่อไป และยกเมืองปาย เมืองขุนยวมเป็นเมืองรอง (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 2549: 50)
พญาสิงหนาทราชา ได้ปกครองเมืองและพัฒนาเมืองแม่ฮ่องสอนให้เจริญขึ้นอย่างรวดเร็ว มีการขุดคูเมืองและสร้างประตูเมืองขึ้นอย่างมั่นคง จนถึง พ.ศ. 2427 พญาสิงหนาทราชาได้ถึงแก่กรรม เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ได้แต่งตั้งเจ้านางเมี๊ยะผู้เป็นภรรยาของพญาสิงหนาทเป็นเจ้านางเมวดีขึ้นปกครองแทน ชาวแม่ฮ่องสอนเรียกเจ้านางเมวดีว่า “ เจ้านางเมี๊ยะ ” โดยให้ปู่โทะ (พญาขันธเสมาราชานุรักษ์) เป็นที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน ต่อมา พ.ศ. 2434 เจ้านางเมี๊ยะถึงแก่กรรม เจ้าอินทวิชยานนท์ผู้ปกครองนครเชียงใหม่ จึงแต่งตั้งพญาขันธเสมาราชานุรักษ์ เป็นพญาพิทักษ์สยามเขต ให้ปกครองเมืองแม่ฮ่องสอน จนถึงพ.ศ. 2433 ตรงกับสมัยรัชกาลที่ 5 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ พระยาศรีสหเทพปลัดทูลฉลองกระทรวงมหาดไทยได้ตรวจราชการพื้นที่หัวเมืองมณฑลตะวันตกเฉียงเหนือจึงจัดระบบการปกครองใหม่เป็น รวมเมืองแม่ฮ่องสอน เมืองขุนยวม เมืองปาย และเมืองยวม (แม่สะเรียง) เป็นหน่วยเดียวกันเรียกว่า “ บริเวณเชียงใหม่ตะวันตก ” ตั้งที่ว่าการแขวง (เทียบเท่าเมือง) ที่เมืองขุนยวม โดยแต่งตั้งนายโหมดเป็นนายแขวง (แจ้งความเสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 11 กรกฎาคม ร.ศ. 119 ) และในปีเดียวกันนี้เมืองเชียงใหม่ได้แต่งตั้งขุนหลู่บุตรของพญาพิทักษ์สยามเขต เป็นพญาพิศาลฮ่องสอนบุรี พ.ศ. 2446 ได้ย้ายที่ว่าการแขวงจากเมืองขุนยวม ไปตั้งที่เมืองยวมแล้วเปลี่ยนชื่อเป็น “ บริเวณพายัพเหนือ ” จนถึง ปี พ.ศ. 2556 พญาพิทักษ์สยามเขตถึงแก่กรรม เมืองเชียงใหม่จึงแต่งตั้ง พญาพิศาลฮ่องสอนบุรีขึ้นปกครองเมืองแทน พ.ศ. 2453 รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ตั้งเมืองจัตวาขึ้นกับมณฑลพายัพ ย้ายที่ว่าการแขวงจากเมืองยวมมาตั้งที่แม่ฮ่องสอนให้ชื่อว่า “ จังหวัดแม่ฮ่องสอน ” แล้วโปรดเกล้าฯให้พระศรสุรราช (เปลื้อง) มาปกครองเมืองแม่ฮ่องสอน ถือว่าเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดแม่ฮ่องสอนคนแรก (สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดแม่ฮ่องสอน 254 8 : 73)