วัดท่าขนุนเป็นวัดที่มีประวัติศาสตร์และความหมายที่สำคัญต่อชุมชนตำบลท่าขนุน ในอำเภอทองผาภูมิ จังหวัดกาญจนบุรี ตำแหน่งของวัดท่าขนุนนี้ไม่ใช่เพียงแค่สถานที่ประกอบพิธีทางศาสนาเท่านั้น แต่ยังเป็นสัญลักษณ์ของเมืองด่านท่าขนุนในวัฒนธรรมและประวัติศาสตร์ท้องถิ่น
เมื่อย้อนยุคกลับไปในอดีต สมัยนั้นการเดินทางส่วนมากจะเน้นการใช้เรือในการสัญจร โดยล่องเรือตามลำน้ำแควน้อย และที่ตั้งของเมืองด่านท่าขนุน ก็เป็นท่าเรือที่คนท้องถิ่นเลือกใช้ในการติดต่อสื่อสารกัน ความพิเศษของท่าเรือนี้คือมีต้นขนุนอยู่หลายต้นที่ริมแม่น้ำ ซึ่งกลายเป็นสัญลักษณ์ของท่าเรือนี้ และเนื่องจากความโดดเด่นของต้นขนุนเหล่านี้ ชุมชนจึงมักเรียกท่าเรือนี้ว่า "ท่าขนุน" และนี่ก็เป็นที่มาของชื่อวัดท่าขนุน ที่เรารู้จักในปัจจุบัน โดยมีชื่อเสียงที่ดังกังวานเป็นที่รู้จักกันในท้องถิ่นตั้งแต่นั้นมา
ในหนังสือนิราศท่าดินแดง ซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงพระราชนิพนธ์ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2329 อธิบายถึงการเสด็จไปทำศึกกับพม่าซึ่งยกมารุกรานไทยที่ท่าดินแดง ในหนังสือนี้ยังมีการพรรณนาถึงวัดท่าขนุน ซึ่งเป็นอีกสถานที่สำคัญ ณ ท้องถิ่นนั้น โดยการทรงยกทัพไปนั้น พระองค์ได้เดินทางพร้อมกับกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท และขบวนเรือที่ทรงนำพาออกจากกรุงเทพฯ ไปยังเมืองไทรโยค หลังจากนั้น ทรงประสานทัพเพื่อเดินทางทางบกต่อไป เพื่อต่อสู้และป้องกันแผ่นดินของชาติ
พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงเข้าตีค่ายพม่าที่ท่าดินแดง ในขณะเดียวกัน กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท ทรงกำหนดค่ายการรบที่ตำบลสามสบ และทั้งสองทัพได้เริ่มการรบพร้อมกันในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2329 ซึ่งการปะทะกันนั้นยืดยาวถึงสามวัน จนถึงวันที่ 23 ในช่วงบ่าย ฝ่ายไทยทรงเป็นฝ่ายชนะ ได้บุกเข้าค่ายพม่า จนพม่าต้องทิ้งค่ายและหนีฉุกเฉิน
เหตุการณ์การรบในวันนั้นก่อให้พม่ารู้สึกประหม่าขณะกลับค่าย ซึ่งตั้งอยู่ที่ตำบลแม่กษัตริย์ พระมหาอุปราชฯ เมื่อยินดีว่ากองทัพของตนหน้าแตก จึงเลือกที่จะเบียดเสียดจากสนามรบ ผลักดันให้กองทัพพม่าต้องละทิ้งอาวุธและยุทโธปกรณ์หลายอย่าง โดยเฉพาะปืนใหญ่ที่ไม่สามารถลากกลับไปได้
จากการบุกเข้าค่ายพม่าที่ท่าดินแดง พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้สั่งให้ทัพยกเคลื่อนที่ไปยังจังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งในวันนั้นเรียกว่าเมืองปากแพรก ก่อนที่จะยกทัพเรือเดินทางไปถึงเมืองไทรโยค และต่อมาทรงเปลี่ยนเป็นทัพบก โดยตั้งค่ายที่วัดท่าขนุน พร้อมกับคาดการณ์การตีกองทัพพม่าอีกครั้งที่ท่าดินแดง ทำให้การประชันกับพม่าในครั้งนั้นมีความรุนแรงและสำคัญมากในประวัติศาสตร์ไทย
ในยุคของรัชกาลที่ 1 ท่าขนุนเป็นหนึ่งในเมืองหน้าด่านที่มีความสำคัญเป็นอย่างยิ่ง โดยค่านิยมของชาวพุทธไม่ว่าจะเป็นมอญ, พม่า, ไทย หรือลาว มักมีความเชื่อว่าทุกบ้านควรมีวัดที่อยู่ใกล้เคียงเพื่อให้ประชาชนมีที่ไปบวช บูชา และศึกษาธรรม ดังนั้น, ในท่าขนุนย่อมมีวัดท่าขนุนอยู่แน่นอน เราสามารถทำความเข้าใจได้ว่าการก่อตั้งวัดท่าขนุนต้องเป็นเรื่องที่เกิดขึ้นมาตั้งแต่ยุคนั้นแล้ว แม้กระนั้น หลักฐานที่แน่นอนมากเกินกว่าการกล่าวถึงในเอกสารประวัติศาสตร์ต่าง ๆ ยังขาดหายไป
เรื่องราวของวัดท่าขนุนได้รับความสนใจอีกครั้ง เมื่อครั้งที่พระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอรประพันธรำไพ และพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอดิศัยสุริยาภา สองพระราชธิดาจากรัชกาลที่ 5 ได้เสด็จมาประพาสป่าทองผาภูมิ เมื่อสัมผัสกับธรรมชาติของป่าทองผาภูมิ ทั้งสองพระองค์ได้รับความประทับใจจึงเสด็จมาอีกครั้งหนึ่ง และในครั้งนี้พระองค์ได้ทูลขอพระราชทานพระพุทธรูปรัชกาล ขนาดหน้าตักประมาณ 1 ศอก 2 องค์ และธรรมาสน์ทรงบุษบกฝีมือช่างหลวง จากรัชกาลที่ 7 มาถวายแก่หลวงปู่พุก อุตฺตมปาโล เจ้าอาวาสของวัดท่าขนุน เมื่อ พ.ศ. 2472
หลวงปู่พุก อุตฺตมปาโล เป็นพระเถระที่มีเชื้อสายมอญ มีสีลาจารวัตรที่งดงามและได้รับความนับถือจากชาวบ้านอย่างล้ำลึก ตอนนั้นทั้งสองพระองค์ได้ทราบถึงความศักดิ์สิทธิ์ของหลวงปู่พุก จึงเสด็จมานมัสการและถวายสิ่งของพระราชทาน เพื่อแสดงความเคารพนับถือ หลังจากนั้น หลวงปู่พุกได้ปกครองและดูแลวัดท่าขนุนจนถึง พ.ศ. 2489 ก่อนที่จะสิ้นพระชนม์ และหลังจากนั้น ชาวบ้านได้นิมนต์หลวงปู่เต๊อะเน็ง ชาวกะเหรี่ยงนอก (มาจากพม่า) มาเป็นเจ้าอาวาสของวัดท่าขนุนต่อเนื่อง
ช่วงนั้นวัดท่าขนุนกำลังต้องการการฟื้นฟูและพัฒนา ที่อยู่ในสภาวะร้างโรย หลวงพ่ออุตตมะที่เดินธุดงค์จากพม่าเข้าไทยมา ได้มีโอกาสพบกับหลวงปู่เต๊อะเน็งที่วัดท่าขนุน ด้วยความมีใจกว้างของทั้งสอง พระทั้งสองจึงร่วมมือกันสร้างมณฑปประดิษฐานรอยพระพุทธบาทสี่รอยจำลองเพื่อเป็นการสืบทอดศาสนาและสร้างเสริมเจริญให้กับวัดท่าขนุน
สำหรับหลวงปู่เต๊อะเน็งเอง ท่านได้บริหารวัดท่าขนุนจนถึง พ.ศ. 2494 ก่อนที่จะต้องเดินทางกลับพม่า และไม่มีโอกาสกลับมาดูแลวัดอีกต่อไป การบริหารวัดหลังจากนั้นทางคณะสงฆ์ได้ตัดสินใจส่งพระภิกษุจากเมืองกาญจนบุรีมาเป็นผู้ดูแล แต่สภาพภูมิอากาศและโรคไข้ป่าที่เป็นปัญหาในบริเวณนั้นทำให้พระภิกษุเหล่านั้นอยู่ได้ไม่นาน สุดท้ายก็ต้องลากลับ ทำให้วัดท่าขนุนยังคงเป็นวัดร้าง
อย่างไรก็ตาม วันที่ 26 ธันวาคม 2495 หลวงปู่สาย อคฺควํโส จากนครสวรรค์ได้มาดำเนินธุดงค์และปักกลดปฏิบัติธรรมที่วัดท่าขนุน การปฏิบัติธรรมของท่านได้รับการยอมรับและนับถือจากชาวบ้าน ชาวบ้านยังให้การอุปัฏฐากยิ่งยวดแก่หลวงปู่สาย แต่จนถึงวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2496 หลวงปู่สายก็ต้องทำการลาชาวบ้าน เพื่อเดินธุดงค์เข้าประเทศพม่า แต่วัดท่าขนุนยังคงอยู่ในใจชาวบ้านมาตลอดเวลา
วัดท่าขนุนเป็นสถานที่ที่มีความสำคัญในประวัติศาสตร์พุทธศาสนาในประเทศไทย ในวันที่ 25 กรกฎาคม พ.ศ. 2496 หลวงปู่สาย พระภิกษุที่มีชื่อเสียงและมีความเป็นมากในระดับประเทศ ได้เดินธุดงค์กลับจากประเทศพม่า และเข้ามายังวัดท่าขนุน โดยได้รับการต้อนรับอย่างอบอุ่นจากชาวบ้านซึ่งนำโดยนายบุญธรรม นกเล็ก ซึ่งเป็นผู้มีอิทธิพลในพื้นที่นั้น หลวงปู่สายได้ทรงอยู่จำพรรษาที่วัดท่าขนุนจนถึงวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2496
ในระหว่างนั้น นายบุญธรรม นกเล็ก ได้ขอเรียนธรรมจากหลวงปู่สายและนำคณะชาวบ้านไปขอพรที่หลวงปู่น้อย เตชปุญฺโญ (พระครูนิพันธ์ธรรมคุต) เจ้าอาวาสวัดหนองโพธิ์ จังหวัดนครสวรรค์ ท่านเป็นพระกรรมวาจาจารย์และเป็นผู้ดูแลหลวงปู่สาย หลังจากการขอพร หลวงปู่สายได้กลับไปยังวัดหนองโพธิ์ในจังหวัดนครสวรรค์
เมื่อพ้นกำหนดการจำพรรษาในปี พ.ศ. 2497 นายบุญธรรม นกเล็ก ซึ่งมีศรัทธาในหลวงปู่สายมาก ได้นำคณะชาวบ้านเดินทางไปยังนครสวรรค์ เพื่อขอหลวงปู่สายกลับมาเป็นเจ้าอาวาสที่วัดท่าขนุน หลวงปู่น้อยตอบรับคำขอและให้ความยินยอม ทำให้หลวงปู่สายได้กลับมาที่วัดท่าขนุนอีกครั้งในวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2497 และตั้งแต่นั้นหลวงปู่สายได้ร่วมมือกับชาวบ้านทำการบูรณะและพัฒนาวัดท่าขนุนให้เติบโตขึ้นจนถึงปัจจุบัน
วัดท่าขนุนเป็นหนึ่งในวัดที่มีความหมายสำคัญและประวัติยาวนานในจังหวัดกาญจนบุรี หลวงปู่สายได้รับการยกย่องจากพระวิสุทธิรังษี (ดี พุทธโชติมหาเถระ) เจ้าคณะจังหวัดกาญจนบุรีในขณะนั้นเป็นผู้ที่ได้มอบหมายให้เขาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดท่าขนุน ตามหนังสือแต่งตั้งเลขที่ 1/2497 ลงวันที่ 1 มกราคม 2498 สามารถเห็นได้ว่าในระยะเวลานั้นหลวงปู่สายมีบทบาทสำคัญในการร่วมกับศรัทธาชาวบ้านในการพัฒนาวัดท่าขนุน จนวัดนี้ได้กลับมาฟื้นฟูและเป็นวัดที่สมบูรณ์อีกครั้ง ซึ่งเป็นความภาคภูมิใจของชาวบ้านจนได้รับรางวัลวัดพัฒนาตัวอย่างในปี 2516
แต่แล้วก็มีเหตุการณ์เศร้าขึ้นกับวัดท่าขนุน ในปี 2535 หลวงปู่สาย อคฺควํโส ได้มรณภาพลง ทำให้วัดท่าขนุนมีการเปลี่ยนแปลงมาก การซ่อมแซมและรักษาเสนาสนะภายในวัดมีบางส่วนที่ทรุดโทรม บางส่วนก็ชำรุดจนไม่สามารถใช้งานได้
สู่ปี 2545 สมัยที่พระสมุห์สมพงษ์ เขมจิตฺโต เป็นเจ้าอาวาสวัดท่าขนุน, พระราชธรรมโสภณ ซึ่งรักษาการเป็นเจ้าคณะจังหวัดกาญจนบุรีในขณะนั้น ได้มอบหมายให้พระใบฎีกาเล็ก สุธมฺมปญฺโญ มารับผิดชอบและพัฒนาวัดท่าขนุนให้กลับมาสวยงามและมีเสนาสนะที่สมบูรณ์ขึ้นอีกครั้ง ตามการประกาศของเจ้าคณะ ทำให้วัดท่าขนุนได้กลับมามีชีวิตชีวาและเป็นศูนย์กลางทางวิญญาณของชาวบ้านอีกครั้ง