"วัดพนัญเชิง" ถือเป็นหนึ่งในวัดที่มีอายุยืนยาวและประวัติศาสตร์ที่น่าสนใจของไทย โดยมีการก่อสร้างก่อนการสถาปนากรุงศรีอยุธยา แต่ไม่มีหลักฐานชัดเจนว่าใครเป็นผู้สร้างวัดนี้ จากข้อมูลในหนังสือพงศาวดารเหนือ มีการกล่าวถึงว่า พระเจ้าสายน้ำผึ้งอาจเป็นผู้สร้างวัดนี้ และพระราชทานชื่อวัดว่า "วัดเจ้าพระนางเชิง" นอกจากนี้ ในพระราชพงศาวดารกรุงเก่า ฉบับหลวงประเสริฐอักษรนิติ์ ได้มีการบันทึกว่า พระพุทธรูปพุทธเจ้าพแนงเชิงได้ถูกสถาปนาขึ้นในปี พ.ศ. 1867 ซึ่งเป็นช่วงเวลาก่อนที่พระเจ้าอู่ทองจะก่อตั้งกรุงศรีอยุธยาถึง 26 ปี
วัดพนัญเชิงจึงเป็นสถานที่ที่สะท้อนถึงวัฒนธรรมและศาสนาของไทยในยุคก่อนอยุธยา มีการสร้างและพัฒนามาหลายช่วงเวลา สะท้อนถึงเรื่องราวและศิลปะที่มีความหลากหลายและเปลี่ยนแปลงไปตามยุคสมัย วัดนี้จึงไม่เพียงแต่เป็นที่ประดิษฐานของพระพุทธรูปที่สำคัญ แต่ยังเป็นที่เก็บรักษาวัฒนธรรมและประวัติศาสตร์ที่มีค่าของไทย โดยผู้ที่สนใจในประวัติศาสตร์และศิลปะของไทยมักจะมาเยี่ยมชมและศึกษาที่วัดนี้เพื่อเข้าใจมุมมองที่ลึกซึ้งของประวัติศาสตร์ไทยอย่างเต็มที่
พระพุทธไตรรัตนนายก หรือหลวงพ่อซำปอกง เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นขนาดใหญ่ ซึ่งถือเป็นพระพุทธรูปที่ใหญ่ที่สุดในพระนครศรีอยุธยา ด้วยหน้าตักกว้าง 20 เมตรเศษ และสูง 19 เมตร สร้างในปางมารวิชัย พระพุทธรูปนี้เคยได้รับความเสียหายอย่างหนักในสมัยที่เสียกรุง แต่ก็ได้รับการซ่อมแซมและบูรณะอย่างต่อเนื่อง จนกระทั่งในสมัยรัชกาลที่ 4 (พ.ศ. 2394) พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงโปรดเกล้าให้มีการบูรณะพระพุทธรูปนี้อย่างครบวงจร พร้อมทั้งทรงพระราชทานนามใหม่ว่า "พระพุทธไตรรัตนนายก"
ในหมู่พุทธศาสนิกชนชาวไทยเชื้อสายจีน พระพุทธรูปนี้เป็นที่รู้จักกันในนาม "หลวงพ่อซำปอกง" คำว่า "พนัญเชิง" ในภาษาไทยมีความหมายว่า "นั่งขัดสมาธิ" ด้วยเหตุนี้ คำว่า "วัดพนัญเชิง" (หรือ "วัดพระแนงเชิง" หรือ "วัดพระเจ้าพแนงเชิง") จึงหมายถึงวัดที่มีพระพุทธรูปนั่งปางมารวิชัย คือ "หลวงพ่อโต" หรือ "พระพุทธไตรรัตนนายก"
ตำนานยังบอกเล่าเกี่ยวกับ "พระนางสร้อยดอกหมาก" ซึ่งมีความเชื่อว่าเมื่อพระนางสร้อยดอกหมากกลั้นใจตาย พระนางอาจจะนั่งขัดสมาธิเนื่องจากในวัฒนธรรมจีนนิยมท่านั่งดังกล่าวมากกว่าท่านั่งพับเพียบ ด้วยเหตุนี้ ชื่อ "วัดพนัญเชิง" จึงอาจสืบเนื่องมาจากเรื่องราวดังกล่าว นอกจากนี้ บางคนอาจเรียกวัดนี้ว่า "วัดพระนางเอาเชิง" ตามสาเหตุของการเสียชีวิตของพระนาง นอกจากนี้ ตามประวัติศาสตร์และข้อมูลของทางวัดในปัจจุบัน หากเรียกนามวัดตามความหมายของ "วัดพนัญเชิง" ก็ย่อมหมายถึงวัดที่มีพระพุทธรูปนั่งขัดสมาธิ คือ "หลวงพ่อโต" หรือ "พระพุทธไตรรัตนนายก" นั่นเอง